Úgy tűnik, a Fuji szoftvermérnökeinek zsúfolt hetük volt, ugyanis az X-Pro 1 után az X-E1 firmware-e is frissült. Az 1.01-es verziószámú javítás teljes kompatibilitást eredményes az XF 18-55 mm F2.8-4 R zoomobjektívvel és javítja – mint az X-Pro 1-nél – a 60 mm-es makró objektív fókuszának pontosságát. Az M bajonett-adapter okozta alulexponálásra való hajlam szintén ki lett küszöbölve. Az új firmware innen tölthető le.
